Сделки прописываются с направление Short, хотя у меня 95% сделок в лонг

Это может происходить в следующих случаях:

1) Пропущен один из отчетов

2) Отчёты загружались не с начала торговли. Например, Вы начали загружать отчеты с 1 числа, а на конец 31-го у Вас была открытая позиция.

Дополнительная информация по формированию сервисом сделок: Что такое сделка? Атрибуты сделки   Алгоритмы автоматического формирования сделок

3) Неверный порядок загрузки отчетов (если в настройках счета включено "Игнорировать последовательность при загрузке", иначе сервис не даст загрузить в неверном порядке)

4) Не указаны открытые позиции на начало периода

Решение данной проблемы существует лишь одно - удалить все сделки и открытые позиции (для этого в диалоге удаления нужно выбрать "Все сделки счета") и загрузить отчеты заново.

Также можно удалить сделки до той даты откуда пошла ошибка. Привести счет в соответствии с действительностью на дату, где все было верно и снова загрузить новые отчеты.

Например: Вы забыли выгрузить отчет за 24 число и загрузили отчеты с 25 по 31. Результаты неверные. Удаляете сделки с 25 по 31. Приводите в соответствие  на 23 число (если были открытые позиции, заносите вручную).

Загружаете отчет за 24 число, далее загружаете отчет с 25-31. Если есть возможность сформировать отчет с 24 по 31, то загружаете его.

Отчеты должны загружаться с начала торговли, по порядку, без пропусков.

Если нет желания/возможности загружать с начала торговли - нужно сначала внести вручную открытые позиции, которые были на начало первого отчета, затем загружать отчеты.

Также будет полезным делать резервные копии (подробнее об этом Резервные копии сделок ), это обезопасит Вас от  типичной проблемы "я хотел удалить только отмеченные сделки и случайно удалил все"